Основите на Военномедицинска академия (ВМА) са положени на 1 декември 1891 г. На този ден влиза в сила Заповед на военния министър № 439 от 19.11.1891 г. за създаване на Софийска обща гарнизонна болница. За неин първи началник е назначен д-р Георги Золотович, лекар на Военното училище, участвал в изготвянето на законопроекти за здравеопазването и един от основателите на Българския лекарски съюз. От 1.01.1893 до края на 1918 г. тя съществува като Първа софийска дивизионна болница със 100 войнишки и 10 офицерски легла. В една от първите публикации по въпросите на военната медицина от 1893 г. "Няколко думи върху нашите военни болници", санитарният майор Игнат Барбар препоръчва столичната дивизионна болница "да е образец във всяко отношение". Тази мисъл за образцово справяне с поставените задачи не престава да съпътства историята на болницата от създаването й до днес. За превръщането й в реалност допринасят работещите там военномедицински чинове и началниците от този първи етап на нейното развитие - възрожденските лекари и санитарни офицери Л. Понтара, Й. Любенов, П. Димитров Д. Киранов, Ив. Бацаров, Т. Илиев, Т. Попов.
С "Положение за санитарната служба във войската за мирно време" (1900) легловият фонд на дивизионните болници се увеличава, като 1-ва софийска дивизионна болница вече има 200 легла. Тогава се оформя една от най-важните мисии на военните болници - грижа за здравето на военнослужещите в мирновременни и военновременни условия.
По време на Балканската война 1912-1913 г. Първа софийска дивизионна болница работи като клон на Разпределителната болница в София. В нейния състав влизат общо 18 лекари, 8 студенти медици и 57 самарянки. По време на войната в новата сграда на 1-ва софийска дивизионна болница се настанява Австрийска санитарна мисия, чиято цел е да подпомогне работата на българската военна болница с лекари и медицински сестри. По това време завеждащ е д-р Асен Петров, един от основоположниците на съвременната медицина в България. Пристигналата отново през Първата световна война (ноември 1915 г.) Австрийска санитарна мисия снабдява военната болница с материали, инструменти, стерилизатори, рентгенов апарат, водни легла, механоелекро апарати, което повишава нивото на медицинското обслужване.
С влизането в сила на новите мирновременни щатове за началник на Общоармейската военна болница в София е назначен подп. д-р Рачо Ангелов - дивизионен лекар на 1-ва софийска пехотна дивизия.
През 1919 г. д-р Р. Ангелов заедно с директора на Народното здраве д-р И. Кесяков и помощник-началника на военносанитарната част във войската подп. д-р Т. Попов участва в изготвянето на проект за временно използване на държавните болнични заведения, включително и на Общоармейската военна болница за нуждите на новооткрития Медицински факултет в София.
За периода от 1924 до 1934 г. началници на болницата са: полк. д-р Д. Герганов и кап. д-р Е. Геков. За нуждите на санитарната служба на войската от 1 юли 1930 г. при Общоармейската военна болница се открива Школа за подготовка на санитарни подофицери.
В началото на 30-те години военните лекари имат възможност да насочат вниманието си към проблемите на мирновременната заболеваемост на войската. През 1932 г. се прави първата категоризация на професионалните заболявания в армията.
От 1936 г. до 1945 г. началници на болницата са: кап. д-р Емануил Геков, подп. д-р Стефан Даскалов, подп. д-р Лудвиг Стрибърни, полк. д-р Иван Щърбанов.
През 1941 г. се решава един сериозен проблем - кръвопреливането във войската с оглед дейността на военните болници. На кап. д-р Владимир Кожухаров се възлага да организира кръвопреливането в Общовойсковата болница.
По време на Втората световна война, за нуждите на българските войски на фронта (октомври 1944-април 1945 г.), болницата формира три армейски хирургически болници.
След демобилизирането на Първа българска армия, от април 1945 г. за началник на болницата е назначен полк. д-р Веселин Николов, който остава на тази длъжност до януари 1946 г. След него началници на Общовойсковата болница са полк. д-р Август Милчев и полк. д-р Иван Иванов.
През 1946 г. се създава ново медицинско учреждение за военните чинове в София - Общовойскова поликлиника с началник полк. д-р Райко Радевски. Поликлиниката първоначално е самостоятелно лечебно учреждение, но от юли 1950 г. болницата и поликлиниката се обединяват в Общовойскова болница с поликлиника и началник става полк. д-р Костадин Стоянов.
През периода 1951-1960 г. началници на Общовойсковата (общоармейска) болница са полк. д-р Любен Ангелов, полк. д-р Марин Кътов и полк. д-р Борис Ангелов.
През 1954 г. на базата на съществуващия от 1945 г. Общовойскови хигиенен институт в Овча купел се създава Научноизследователски военномедицински институт с началник полк. проф. Здравко Мицов. Като специализиран институт към БА на него се възлага разработването на различни аспекти на медицинската защита на войските и населението.
На 12.08.1960 г. с Постановление № 196 на МС се създава Висш военномедицински институт (ВВМИ), който включва Научноизследователския военномедицински институт в Овча купел (София), Общоармейската болница (София) и Отдела за военномедицинска подготовка към Медицинско управление при МНО.
Тази структура на ВВМИ позволява наред с основната лечебно-диагностична дейност да се разширят възможностите за специализация и усъвършенстване на медицинските офицери по военномедицинските специалности, подготовка на медицинските кадри за нуждите на армията, както и за разработване на научни проблеми, свързани с медицинското осигуряване на войските в мирно и военно време.
От 1960 г. до 1988 г. началници на ВВМИ са: полк. проф. Г. Кръстинов, полк. проф. А. Малеев, полк. проф. Н. Купенов, ген. м-р доц. Ив. Хариев, ген. м-р д-р В. Герганов, ген. м-р проф. Н. Купенов, полк. проф. Й. Топалов.
Със създаването на ВВМИ през 1960 г. и построяването на новата сграда през 1980 г. се извършват редица структурни промени и подобрения във военното здравеопазване, които издигат ВВМИ до нивото на най-престижните медицински учреждения в страната.
Израз на изградения авторитет и признание за дейността на ВВМИ е издаденият Указ № 546, с който от 07.04.1989 г. към Министерството на отбраната се създава Военномедицинска академия, като единен лечебен и учебно-научен комплекс със задача да развива военномедицинската наука и да провежда обучение, специализация и усъвършенстване на военномедицинските кадри. Съставни звена на ВМА тогава са: ВВМИ, Военноморска болница – Варна, Обединен авиомедицински научноизследователски институт – София и Първа клинична болница “Д-р К. Хавезов”(Клинична база “Лозенец”). По такъв начин в академията се съсредоточава лечебната, научната и учебната дейност по проблемите не само на сухопътните войски, но и тези, касаещи военновъздушните и военноморските сили.
За периода 1989-2003 г. началници на ВМА са: ген. м-р проф. Йовчо Топалов, ген. м-р проф. Григор Мечков, ген. м-р доц. Никола Александров, полк. проф. Милан Петров, бриг. ген. доц. Румен Златев. Днес началник на ВМА е генерал-майор доц. Стоян Тонев.
Военномедицинска академия е свързана със системата на националното ни здравеопазване чрез звеното си за спешна медицинска помощ, създадено през 1990 г. със задача да обслужва както специфичния контингент, така и цивилното население.
Значително е участието на специалисти от ВМА в хуманитарни мисии. От участието си в първата военномедицинска мисия по време на Руско-японската война през 1904 г. специалисти от болницата са работили в Русия, Корея, Виетнам, Камбоджа, Алжир, Сирия, Мозамбик, Никарагуа, Ангола, Етиопия, Либия, Армения, Босна и Херцеговина, Косово, Турция, Македония, Афганистан, Ирак.
Паралелно с коренните промени в нашето общество, ВМА също структурно се променя с цел привеждането й в съответствие със световните и натовските стандарти, както и с националното законодателство в областта на здравеопазването. Днес ВМА обединява пет болнични бази за активно лечение в София, Пловдив, Варна, Плевен, Сливен, три болнични бази за рехабилитация и профилактика в Банкя, Хисар и Поморие, Център за военномедицинска експертиза и авиационна медицина, Военномедицински отряд за бързо реагиране, Център за военна епидемиология и хигиена – София с филиали в Пловдив, Сливен и Варна, Научноизследователски център за радиологична, биологична и химическа защита.
През 2001 г. и 2006 г. ВМА е акредитирана като лечебно и учебно заведение с оценка "отличен" за период от 5 години съгласно Закона за лечебните заведения и Наредбата на Министерството на здравеопазването. През 2002 г. ВМА е акредитрана в съответствие със Закона за висшето образование за обучение на докторанти по 16 научни медицински специалности.
Независимо от сътресенията в съвременната епоха, ВМА запазва традициите си в добрата медицинска практика, стремежа за усъвършенстване на кадрите и поощряване на научните разработки за развитие на медицинската наука. Провежданата реформа в здравеопазването дава възможност за достъп до ВМА на цивилното население чрез сключените договори със Здравноосигурителната каса. Създадена преди повече от век само за нуждите на военнослужещите от Софийския гарнизон, днес ВМА е отворена за всички.
